La dernière évaluation de l'AEE en 2012 a révélé un niveau similaire de masses d'eau atteignant un « bon » ou « très bon » état écologique. L'évaluation de l'AEE a également porté sur l'état quantitatif et la surexploitation des eaux souterraines en Europe ainsi que sur l'état chimique global des masses d'eau.