Les microorganismes sont présents dans chacun des trois domaines de la vie : les archées, les bactéries et les eucaryas. Les microbes des domaines Bactéries et Archées sont tous des procaryotes (leurs cellules n'ont pas de noyau), tandis que les microbes du domaine Eucarya sont des eucaryotes (leurs cellules ont un noyau).
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